清代開墾初期，因地勢較低，水源豐沛且土壤肥沃，得以栽種一畝畝的綠色田園，因此以「菜園」命名。菜園位於澎湖本島的西南方，臨接內海東北側內灣，擁有豐富的海洋資源，因而形成多元化的生態園區，包含養殖漁業、溼地生態、珊瑚淺坪等。

菜園漁港和所有漁港一樣都有出海打撈的新鮮魚獲，但此處最大的特色是興盛的養殖漁業-牡蠣，近海箱網養殖，並已結合休閒觀光，發展出烤生蚵、餵海鱺等活動，讓遊客在海上體驗餵魚的樂趣，品嚐美味海鮮。